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快速使用VASP (qvasp)的简介、安装及使用

haoteby 2025-01-15 13:30 2 浏览

一、程序简介

VASP是目前最流行的第一性原理软件之一,但维也纳大学仅仅提供软件源代码,输入文件参数众多,一些输出文件需要进一步后处理才能可视化。目前用得比较多的软件有vaspkit、p4vasp、sumo、lev00、pwmat以及大神们在Github以及QQ群上传的各种脚本和二进制文件。基于此,历时近5年,如图一所示,qvasp定位于开发包含VASP输入文件前处理、输出文件后处理的基本功能,同时,也可以让用户根据自身研究方向,吸纳其它工具集,制定契合自己研究的自定义qvasp工具包。

图一 、qvasp程序构架

二、安装与帮助

1、下载qvasp安装包:https://sourceforge.net/projects/qvasp

2、上传服务器,使用tar -zxvf qvasp-v2.21.tar.gz解压

3、到解压目录中去(cd qvasp-v2.21),执行./install.sh然后输入yes回车

4、到安装包下的exefile/POTCAR/paw_*几个文件夹下补全VASP的赝势文件(商业软件,非开源部分)

5、退出账号,重新登录,即可以使用qvasp -help获取帮助文档(如图二所示)

(另外,如果能到合适的showstatus.sh就更好了,可参考手册)

帮助分为六个板块,其基本使用逻辑为qvasp -xxxx,比如qvasp -c2p C.cif,则可以将C.cif转换成POSCAR文件。当后面所接参数错误,比如qvasp -wrong,则会自动打印出帮助文档。

图二、qvasp帮助文档

三、INCAR制备策略及自定义

每次计算几乎都会涉及电子步,也就是每个INCAR都包含图三中的INCAR-base,通过qvasp -md则可以合并INCAR-base和关于分子动力学参数INCAR-md,生成分子动力学的INCAR。仔细留意下安装目录中exefile/INCAR文件夹,你可以任意修改其中参数,以实现生成自定义的INCAR文件。

图三、合并生成INCAR文件

四、 构造纳米管、创建超胞和寻找原胞

qvasp -k 0.03也能生成自动网格的K点

qvasp -nanotube能够卷曲任意的四方二维结构变成纳米管

qvasp -cleavesurface能够实现切面

如图三和图二帮助文档所示,就不加以赘述,可以查看其中文帮助文档和qvasp发表在computer physics communication上的文档。

五、制备属于自己的qvasp工具包

网上有各种各样非常有用的工具,相信各自手中也可能也有好用程序。你可以把它们放在自己账号环境变量中,也可以每次用的时候手动上传再加可执行权限。如何把这些分散的好用工具收集起来,制备成系统可迁移的程序包呢?qvasp提供了一个特殊的文件夹,位于exefile/Tools/USERTooLs,你可以把自己常用的脚本文件统一放于这个文件夹中,加上可执行权限,然后修改这个文件夹中help-ex文档来注释说明。

以极其好用的vaspkit来举例(感谢王伟老师及合作开发者),将vaspkit可执行文件放于exefile/Tools/USERTooLs中赋予可执行权限,则可以使用qvasp -vaspkit调用这个可执行文件,同时修改help-ex文件增加其相应的说明,这样在qvasp -help的时候就能看到自定义的这个工具说明了。

这样做有一个好处,就是在任意时候可以用qvasp -help弹出帮助文档来提示自己用哪个工具,并将所有工具收集在一起,需要迁移到别服务器时只需要用tar -zcPvf qvasp-v2.21.tar.gz qvasp-v2.21把整个qvasp-v2.21打包成包含适用于自我的工具包,上传另外一台服务器直接解压,执行./install.sh安装即可享受自己常用工具集的安装包了。

软件部分源码放于source-code

软件的所有测试算例放于examples中

软件的相关文档放于documents

https://sourceforge.net/projects/qvasp

qvasp英文paper近期发表于(可阅读正文和支持信息,了解各部分功能的原理)

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001046552030254X

欢迎关注和引用(阅读有利于理解):

The calculations were assisted by qvasp.[1]

[1] Wencai Yi, Gang Tang, Xin Chen, Bingchao Yang, Xiaobing Liu. qvasp: A flexible toolkit for VASP users in materials simulations, Computer Physics Communications, 2020, 107535. DOI: 10.1016/j.cpc.2020.107535

软件bug在所难免,欢迎邮件yi.wencai@163.com纠错或填补重要功能,也欢迎加QQ群398274903交流使用经验。

预计在8月29日在哔哩哔哩直播其安装和使用,敬请关注。

作者简介:

易文才,2018 年博士毕业于吉林大学理论化学研究所,目前在曲阜师范大学物理工程学院工作。目前主要研究方向:采用第一性原理计算和结构搜索算法,探究低维材料微观晶体结构和电子结构性质。通过结构搜索,挖掘材料微观结构与宏观性质之间的关系,并基于此设计新型低维多功能材料。研究兴趣包含:

1. 含能材料微观晶体结构探究;

2. 新型低维亚稳材料微观结构及稳定性的理论探究;

3. 低维功能材料催化性能及催化反应微观机理的理论研究;

4. 新型低维材料结构搜索算法的开发;

目前已在 J. Mater. Chem. A, J. Phys. Chem. Lett, J. Mater. Chem. C,Mater. Des. 等国际著名期刊发表论文 37 篇。同时开发了 qvasp 程序用以辅助处理输入和输出文件。

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